恒河鳄雄性体长5—6m，重量159—250kg；雌性体长3.5—4.5m，100—130kg；新生恒河鳄体长大约37cm。

恒河鳄有106—110颗锋利的牙齿，其中上颌骨有5颗，上颚23—24颗，下颚25—26颗；鼻子长而纤细，专门用来捕鱼，通常随着年龄的增长，鼻子形状变的越来越薄。

幼年恒河鳄吃昆虫、幼虫和小青蛙。成年恒河鳄食物几乎全部为鱼类，偶尔吃腐肉。

恒河鳄在每年2月交配，于每年3月至4月生蛋，于河岸沙地挖洞筑巢，约50cm深。恒河鳄每次产蛋30—50只，最多产蛋可达100颗。所生的蛋亦是所有鳄鱼当中最大的，平均重160g，宽5.5cm，长8.6cm，孵化期71—93天，3周后幼鳄可以独立生活。

恒河鳄是一种警戒心非常强的陆生动物，孵化期时，雌鳄会守着鳄鱼巢，略带攻击性的守护着自己的宝宝。由于恒河鳄的吻小，无法载着刚孵化出的小鳄鱼，所以只能引导它们到水边栖息。 恒河鳄在大约8至12岁时到达性成熟期，届时体长超过3米长。

1983年，恒河鳄在巴基斯坦可能灭绝；

1985年，恒河鳄在孟加拉国可能灭绝；

1991年，恒河鳄在不丹可能灭绝；

2006年，成年恒河鳄在在印度的数量不超过200只。

由于非法猎杀、水污染、栖息地破坏等原因，2009年只有约1000只恒河鳄生活在印度昌巴尔河和亚穆纳河。

为更多了解恒河鳄的生存环境和生活习性，印度勒克瑙恒河鳄保护公园的科学家用相机记录恒河鳄的“生物日志”。科学家把恒河鳄放生前，在它们身上装上微型相机。这些相机每4秒拍一张照片，记录恒河鳄的行为。

微型相机可以记录恒河鳄的潜水深度、游泳速度和运动频率，借助这个仪器，科学家可以了解它们的水下活动以及周围环境。这些相机装上4小时后会自动脱落，由工作人员回收。相机里的数据将输入电脑，供科学家研究。这一研究项目由世界自然基金会资助。如果取得较好结果，环保人士计划将更多恒河鳄放生，微型相机附着在鳄鱼身上的时间也将延长至48小时。

恒河鳄在印度的动物园有较多数量繁殖。